MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis plasmid pSW3

Total Repeats: 167

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012631	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012631	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012631	TGG	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012631	TGG	2	6	78	83	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012631	A	6	6	111	116	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012631	TATCT	2	10	241	250	20 %	60 %	0 %	20 %	228404351
7	NC_012631	A	6	6	257	262	100 %	0 %	0 %	0 %	228404351
8	NC_012631	GTT	2	6	396	401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404351
9	NC_012631	AT	3	6	476	481	50 %	50 %	0 %	0 %	228404351
10	NC_012631	T	6	6	522	527	0 %	100 %	0 %	0 %	228404351
11	NC_012631	T	8	8	580	587	0 %	100 %	0 %	0 %	228404351
12	NC_012631	ATTG	2	8	632	639	25 %	50 %	25 %	0 %	228404351
13	NC_012631	T	6	6	693	698	0 %	100 %	0 %	0 %	228404351
14	NC_012631	A	7	7	726	732	100 %	0 %	0 %	0 %	228404351
15	NC_012631	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404351
16	NC_012631	GT	4	8	1018	1025	0 %	50 %	50 %	0 %	228404351
17	NC_012631	A	6	6	1117	1122	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012631	CTT	2	6	1148	1153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404352
19	NC_012631	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404352
20	NC_012631	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228404352
21	NC_012631	GA	3	6	1333	1338	50 %	0 %	50 %	0 %	228404352
22	NC_012631	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228404352
23	NC_012631	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404352
24	NC_012631	TCTG	2	8	1470	1477	0 %	50 %	25 %	25 %	228404352
25	NC_012631	GAAA	2	8	1496	1503	75 %	0 %	25 %	0 %	228404352
26	NC_012631	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404352
27	NC_012631	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	228404352
28	NC_012631	T	8	8	1612	1619	0 %	100 %	0 %	0 %	228404352
29	NC_012631	AGGA	2	8	1629	1636	50 %	0 %	50 %	0 %	228404352
30	NC_012631	A	6	6	1688	1693	100 %	0 %	0 %	0 %	228404352
31	NC_012631	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228404352
32	NC_012631	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404352
33	NC_012631	T	6	6	1838	1843	0 %	100 %	0 %	0 %	228404352
34	NC_012631	GATTA	2	10	1856	1865	40 %	40 %	20 %	0 %	228404352
35	NC_012631	A	6	6	1932	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	228404352
36	NC_012631	TGTT	2	8	1962	1969	0 %	75 %	25 %	0 %	228404352
37	NC_012631	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404352
38	NC_012631	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228404352
39	NC_012631	AAT	2	6	2173	2178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012631	GTT	2	6	2182	2187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012631	T	7	7	2209	2215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012631	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404353
43	NC_012631	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228404353
44	NC_012631	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228404353
45	NC_012631	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228404353
46	NC_012631	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228404353
47	NC_012631	GT	3	6	2557	2562	0 %	50 %	50 %	0 %	228404353
48	NC_012631	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404353
49	NC_012631	AT	3	6	2732	2737	50 %	50 %	0 %	0 %	228404353
50	NC_012631	A	8	8	2772	2779	100 %	0 %	0 %	0 %	228404353
51	NC_012631	TTCT	2	8	2808	2815	0 %	75 %	0 %	25 %	228404353
52	NC_012631	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228404353
53	NC_012631	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228404353
54	NC_012631	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404353
55	NC_012631	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228404353
56	NC_012631	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	228404353
57	NC_012631	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404353
58	NC_012631	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228404353
59	NC_012631	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404353
60	NC_012631	CTTAA	2	10	3160	3169	40 %	40 %	0 %	20 %	228404353
61	NC_012631	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404353
62	NC_012631	AT	3	6	3284	3289	50 %	50 %	0 %	0 %	228404353
63	NC_012631	GTTT	2	8	3334	3341	0 %	75 %	25 %	0 %	228404353
64	NC_012631	AGGA	2	8	3454	3461	50 %	0 %	50 %	0 %	228404353
65	NC_012631	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404353
66	NC_012631	A	6	6	3565	3570	100 %	0 %	0 %	0 %	228404353
67	NC_012631	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228404354
68	NC_012631	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404354
69	NC_012631	TTTC	2	8	3714	3721	0 %	75 %	0 %	25 %	228404354
70	NC_012631	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228404354
71	NC_012631	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404354
72	NC_012631	GGAT	2	8	3834	3841	25 %	25 %	50 %	0 %	228404354
73	NC_012631	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404354
74	NC_012631	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228404354
75	NC_012631	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404354
76	NC_012631	ATATAG	2	12	4105	4116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	228404354
77	NC_012631	CAC	2	6	4135	4140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	228404354
78	NC_012631	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228404354
79	NC_012631	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228404354
80	NC_012631	AACGTT	2	12	4368	4379	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	228404354
81	NC_012631	AT	3	6	4391	4396	50 %	50 %	0 %	0 %	228404354
82	NC_012631	A	7	7	4434	4440	100 %	0 %	0 %	0 %	228404354
83	NC_012631	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404354
84	NC_012631	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404354
85	NC_012631	CT	3	6	4533	4538	0 %	50 %	0 %	50 %	228404354
86	NC_012631	A	6	6	4539	4544	100 %	0 %	0 %	0 %	228404354
87	NC_012631	TAAA	2	8	4558	4565	75 %	25 %	0 %	0 %	228404354
88	NC_012631	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404354
89	NC_012631	ATTA	2	8	4629	4636	50 %	50 %	0 %	0 %	228404354
90	NC_012631	ATTT	2	8	4663	4670	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012631	A	6	6	4683	4688	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012631	ATA	2	6	4751	4756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404355
93	NC_012631	AAT	2	6	4797	4802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404355
94	NC_012631	ACA	2	6	4810	4815	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404355
95	NC_012631	AAT	2	6	4873	4878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404355
96	NC_012631	TCA	2	6	4879	4884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228404355
97	NC_012631	TTG	2	6	4985	4990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404355
98	NC_012631	TTG	2	6	5044	5049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404355
99	NC_012631	AAC	2	6	5059	5064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404355
100	NC_012631	TAA	2	6	5076	5081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404355
101	NC_012631	AGG	2	6	5130	5135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	228404355
102	NC_012631	CAG	2	6	5195	5200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	228404355
103	NC_012631	ATT	2	6	5203	5208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228404355
104	NC_012631	GGC	2	6	5224	5229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	228404355
105	NC_012631	GTT	2	6	5230	5235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404355
106	NC_012631	TCA	2	6	5290	5295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228404355
107	NC_012631	T	6	6	5460	5465	0 %	100 %	0 %	0 %	228404355
108	NC_012631	CAAA	2	8	5479	5486	75 %	0 %	0 %	25 %	228404355
109	NC_012631	AAAAG	2	10	5572	5581	80 %	0 %	20 %	0 %	228404356
110	NC_012631	TTA	2	6	5594	5599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228404356
111	NC_012631	A	6	6	5617	5622	100 %	0 %	0 %	0 %	228404356
112	NC_012631	CAA	2	6	5734	5739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404356
113	NC_012631	ATT	2	6	5757	5762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	228404356
114	NC_012631	A	6	6	5811	5816	100 %	0 %	0 %	0 %	228404356
115	NC_012631	T	6	6	5912	5917	0 %	100 %	0 %	0 %	228404357
116	NC_012631	GGA	2	6	5929	5934	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	228404357
117	NC_012631	ACA	2	6	5944	5949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404357
118	NC_012631	A	6	6	5992	5997	100 %	0 %	0 %	0 %	228404357
119	NC_012631	TCT	2	6	6034	6039	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404357
120	NC_012631	ATCA	2	8	6111	6118	50 %	25 %	0 %	25 %	228404357
121	NC_012631	A	7	7	6129	6135	100 %	0 %	0 %	0 %	228404357
122	NC_012631	CAT	2	6	6158	6163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	228404357
123	NC_012631	AAC	2	6	6211	6216	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404357
124	NC_012631	ATA	2	6	6265	6270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	228404357
125	NC_012631	CCTAG	2	10	6280	6289	20 %	20 %	20 %	40 %	228404357
126	NC_012631	AAG	2	6	6302	6307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404357
127	NC_012631	TTG	2	6	6311	6316	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	228404357
128	NC_012631	AATT	2	8	6326	6333	50 %	50 %	0 %	0 %	228404357
129	NC_012631	TTCTA	2	10	6357	6366	20 %	60 %	0 %	20 %	228404357
130	NC_012631	TCGG	2	8	6397	6404	0 %	25 %	50 %	25 %	228404357
131	NC_012631	GAA	3	9	6412	6420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404357
132	NC_012631	GAT	2	6	6451	6456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	228404357
133	NC_012631	TA	3	6	6478	6483	50 %	50 %	0 %	0 %	228404357
134	NC_012631	T	6	6	6515	6520	0 %	100 %	0 %	0 %	228404357
135	NC_012631	CAA	2	6	6521	6526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	228404357
136	NC_012631	TCG	2	6	6531	6536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	228404357
137	NC_012631	TC	3	6	6544	6549	0 %	50 %	0 %	50 %	228404357
138	NC_012631	TCT	2	6	6558	6563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	228404357
139	NC_012631	AGA	2	6	6567	6572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404357
140	NC_012631	AGA	2	6	6609	6614	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	228404357
141	NC_012631	A	7	7	6701	6707	100 %	0 %	0 %	0 %	228404358
142	NC_012631	T	6	6	6720	6725	0 %	100 %	0 %	0 %	228404358
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149	NC_012631	A	6	6	6955	6960	100 %	0 %	0 %	0 %	228404358
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162	NC_012631	TCC	2	6	7434	7439	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
163	NC_012631	AT	6	12	7448	7459	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_012631	TAT	2	6	7461	7466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_012631	AT	6	12	7465	7476	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_012631	GATTT	2	10	7482	7491	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
167	NC_012631	GA	4	8	7495	7502	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.